À partir du 4 octobre 2021, le protocole sanitaire applicable dans les écoles, collèges et lycées sera de niveau 1 (vert) dans les départements où le taux d'incidence est inférieur au seuil de 50 pour 100 000 habitants durant au moins 5 jours consécutifs.

Le port du masque n'y est plus obligatoire pour les élèves des écoles primaires, il reste néanmoins obligatoire dans les espaces clos pour les collégiens et lycéens.

La pratique d'activités physiques et sportives en intérieur et à l'extérieur se fera sans restriction. Pour les autres départements où le virus circule encore activement (taux d'incidence supérieur à 50), c'est le niveau 2 du protocole qui continue de s'appliquer, à l'exception de certains départements d'outre-mer pour lesquels le niveau 4 (niveau rouge) est en vigueur.

Dans un décret publié au Journal officiel le 30 septembre 2021 figure la liste des 54 départements où une circulation élevée de l'épidémie est constatée, le masque y restera obligatoire en classe.

On peut aussi consulter le taux d’incidence pour 100 000 habitants sur   une semaine sur le portail Géodes et jour par jour sur le site data.gouv.fr.